La convocatoria 2009 se abrió el 19 de Octubre y cerró el 16 de Noviembre de 2010.  Fue la segunda convocatoria del Sistema.
Se postularon en total 834 investigadores, de los cuales 714 pertenecían a activos y 120 a asociados.
Del proceso de evaluación surgieron los siguientes resultados:
297 investigadores ingresaron al Sistema. De éstos, 218 lo hicieron como Activos y 79 como asociados. Dentro de los activos, 152 eran Candidatos a Investigador, 56 Nivel I, 8 eran Nivel II y 2 Eméritos.